除高糖物料外，常規開式噴霧干燥機還有多類物料不適合直接處理。

 第一類是高粘度、凝膠狀、膏糊狀物料，如高濃度浸膏、膠體、粘稠膏體。這類料液泵送困難，霧化時極易堵塞噴嘴，液滴成型差，干燥后極易黏附塔壁，粉體收集率低，更適合閃蒸干燥或真空干燥。

 第二類是強熱敏活性物料，如部分益生菌、酶制劑、活性蛋白、易分解天然提取物。噴霧干燥熱風溫度較高，即便物料在塔內停留時間短，仍會造成蛋白變性、活性物質分解、有效成分失活，優先選用冷凍干燥。

 第三類為低熔點、高油脂物料。油脂類物質受熱易軟化熔融，干燥過程顆粒表面發黏，出現嚴重粘壁，粉體極易結塊，出料困難；如不添加載體改性，很難獲得流動性良好干粉。

 第四類是強腐蝕性物料，高濃度強酸、強堿、高鹽料液會腐蝕普通 304 不銹鋼腔體、霧化器與密封件，造成設備穿孔泄漏。如需處理，必須升級為鈦材或 316L 材質，增加設備成本。

 第五類是含大量易燃有機溶劑的料液（乙醇、丙酮等）。普通開式熱風機型不可使用，溶劑蒸汽遇熱容易形成爆炸環境，如需處理，必須采用閉式氮氣循環防爆機型。

 第六類是強氧化性、受熱易劇烈反應的物料，包括過氧化物等，受熱易發生分解、爆燃，存在重大安全隱患，嚴禁直接噴霧干燥。

 另外硬質大顆粒懸浮液，容易磨損霧化盤、堵塞噴嘴，也不適合直接進樣。
 以上物料并非不能噴霧干燥，部分物料可通過配方改性、更換專用機型實現處理，但直接使用普通噴霧干燥機會出現粘壁、活性損失、設備損壞、安全風險等問題。