一般說來，當被分離混合物中易揮發組份增多時，就選用位置較高的進料口。隨著分子蒸餾裝置中進料狀態改變，也應該相應地調整進料口，進料溫度降低時，用位置較高的進料口；反之，用位置較低的進料口。

如果說分子蒸餾設備有兩個以上進料口的話，一般都需要設置在裝置不同的高度上。生產中應根據具體情況，選擇適當的進料口，必要時還需進行調整。基本的原則是，對進料溫度在泡點或接近泡點時進料的設備，進料口的選擇是依據進料的組成與進料板的組成相一致而決定的。

在進行分子蒸餾的過程中，多因素都會影響分子蒸餾設備的作業能力，其中較為明顯的就是進料位置和填料種類。正是因為如此，在設計分子蒸餾裝置的時候，一定要謹慎。

當分子蒸餾設備在運用不同種類填料的情況下，分離效果也是不一樣的，根據裝填方式可分為散裝填料和規整填料，與同樣尺寸相比，鮑爾環在分子蒸餾裝置中的氣液通量高，分離效果也好。

蒸餾操作是一項重要的前處理步驟。傳統的蒸餾設備，其加熱、蒸餾、冷凝、接收部分等各自分工，操作繁瑣，效率較低；且由于缺乏蒸餾終點控制，常導致蒸餾失敗，影響工作效率，而且明火加熱易爆瓶，操作危險。短程分子蒸餾儀的出現讓蒸餾操作變得那么的簡單。

短程分子蒸餾是一種液－液分離技術，它能在真空下操作，能使液體在遠低于其沸點的溫度下將其分離。主要由加熱、蒸餾、冷卻水以及接收裝置四部組成，按操作條件可分為常壓、減壓或高真空蒸餾；利用分子運動平均自由程的原理，將液體混合物稍稍加熱，使液體分子從液面逸出，輕分子落在冷凝面而重分子又返回，這樣就將液體分離了。