由于氮氣濃縮儀在操作時，需浸泡在水浴池中，因此，在使用完之后須做好清潔保養工作，以延長儀器的使用壽命。
一、選取合適的加熱介質
加熱介質選用蒸餾水和去離子水，這將有效防止在水浴壁上產生水垢。注意不要使用有機溶劑作加熱介質，有機溶質揮發具有毒性，會對人體健康產生危害。
二、使用除藻劑凈化水浴
試驗完成后，不加熱時，在水浴的水中加入除藻劑，可防止水浴池中的生物被污染。在選用除藻劑時，應確保所用除藻劑不會影響所要處理的樣品性質，且不應使用酸性除藻劑。
三、定期換水
長期實驗產生的雜質，以及空氣中的污染物都將污染的水質，不僅會產生水垢，還可能影響實驗的準確性和速率。因此，水浴中的水建議一周一換，最長也不要超過一個月。
四、酸性環境防護
當接觸或暴露于酸性材料、蒸汽或樣品后，應當立刻清洗，用適度的碳酸氫鈉溶液或其它相似溶液中和，再用清水沖洗。長時間接觸酸性物質，將會損壞儀器。如必須長時間接觸酸性物質，則應采取保護措施。
五、清潔針頭
每次使用完針后都應當使用有機溶劑沖洗、高壓消毒清洗針頭，盡量減少針的污染，以及對后期實驗的影響。
六、禁止長期浸沒
氮氣濃縮儀浴底耐水但不防水。在試驗完成后，應及時將氮氣濃縮儀取出擦拭干凈，絕不能將水浴浸泡在任何液體中，或放置在可能發生浸泡的地方